Organisasi Balai Konservasi Sumber Daya Alam Maluku termasuk tipe A yang terdiri dari:

1. Kepala Balai Konservasi Sumber Daya Alam Maluku.
2. Kepala Sub Bagian Tata Usaha.
3. Kepala Seksi KSDA Wilayah I.
4. Kepala Seksi KSDA Wilayah II.
5. Kepala Seksi KSDA Wilayah III.
6. Kelompok Jabatan Fungsional (Polisi Kehutanan, Pengendali Ekosistem Hutan dan Penyuluh Kehutanan).

Bagan Struktur Organisasi Balai Konservasi Sumber Daya Alam Maluku sesuai PERATURAN MENTERI KEHUTANAN REPUBLIK INDONESIA NOMOR 4 TAHUN 2025 TENTANG ORGANISASI DAN TATA KERJA UNIT PELAKSANA TEKNIS DIREKTORAT JENDERAL KONSERVASI SUMBER DAYA ALAM DAN EKOSISTEM adalah sebagai berikut: